上海交通大學核工程專業始建于1958年，是國內首批開設核工程專業的高校之一。50多年來，上海交通大學核工程專業為我國核工業培養和輸送了大批高層次專業人才。上海交通大學是目前華東地區唯一設有核工程專業的高等學校，具有博士、碩士（包括工程碩士）和學士學位授予權，并建有博士后流動站。

在交通大學110年校慶之際，上海交通大學為適應國家核電發展的需要，在原核科學與系統工程系的基礎上成立了核科學與工程學院。

學院下設三個系：反應堆工程系、核材料與燃料系、輻射防護和核技術系，并按研究方向分為九個研究室：反應堆物理研究室、反應堆熱工水力研究室、反應堆安全研究室、核電站儀控和仿真研究室、先進反應堆系統研究室、材料與水化學研究室、核燃料循環研究室、輻射防護研究室以及核技術研究室。